请问公司涉嫌非法集资诈骗罪，资金流水高达6000万，法院会做出怎样的判决呢？

实施诈骗行为涉嫌犯罪，具体判决以法院判决书为主，诈骗以数额巨大的财物为诈骗目标的，或者具有其他严重情节的，应当定罪处罚。
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涉嫌诈骗罪，如果检察院批准逮捕，公安机关也执行了逮捕。这个阶段还是侦查阶段，证据不足是正常的。
如果公安机关侦查终结移送检察院，检察院认为证据不足，还要公安局补充侦查，可以退回补充侦查两次，两次补充侦查仍然是证据不足，检察院不起诉。
如果检察院认为证据充分，移送法院审判，法院认为证据不足不能判刑，法院认定证据充分判处刑罚。